白莲教徒接下满清大臣纳兰元述（甄子丹）所下的对付革命党人的命令后，在广州街头借“扶清灭洋”的口号大肆捣乱洋人的使馆、教堂等地盘，甚至连小学生也不放过，他们的举动令黄飞鸿（李连杰）、十三姨（关之琳）与梁宽（莫少聪）异常气愤。 在某个医学会议上，黄飞鸿与革命党领袖孙文（张铁林）一见如故，发现革命党人对救国更具远见时，他决定帮助革命党人逃过厄运。随后，他直捣白莲教总坛决胜九宫真人，揭开迷信假像，又因奋慨国运衰竭民智末开，不惜与纳兰元述决一死战。
曾健乃香港贩毒头子，因被小红，及Ida所率领的警队追捕而仓忙潜逃至泰国，留下情妇Carry在香港。数年后曾健以泰国华侨沙华的身份返港，而Carry已下嫁警司金志远，曾知悉后非常愤怒，故设赌局欺骗志远，令志远欠下巨债，被迫替曾卖命，与此同时Ida四出调查曾健，令曾的交易受阻，曾设计杀死志远及嫁祸Ida。
