精通电子科技的法兰克，与森、露尔三人进行一桩骇人的钻石抢案，事成之后，森与露尔背叛法兰克，害得法兰克失手入狱。被捕后法兰克被关进叫做“未来监狱“的高科技监狱中。这个监狱的特色是男女犯人共囚一室，典狱长来蒂是个不择手段的人，除了血腥和残忍的管制外， 未来监狱中是没有警卫，也没有围墙，而只有一对相互监控的项锁，每一位囚犯与囚犯之间，并不知谁与谁是同一组合，若任一方想越狱，或两人相距超过100码，套在他们颈上的夺命箍便会爆炸，令他们粉身碎骨。为了取回赃物，法兰克与囚友翠丝千方百计逃离监狱，并在这个荒凉的海岛监狱中和其他丧心病狂的囚犯进行殊死战斗，直到自己可以成为唯一生存并自由的人……
在邪神加坦杰厄和迪迦奥特曼的决战结束后，人类世界迎来了长达两年的和平岁月。这一日，入间队长随同GUTS考古队来到位于南太平洋的远古遗迹露露耶，他们再次发现了业已毁灭的超古代城市以及三尊邪神的石像希特拉（婆裟羅天明 饰）、达拉姆（松田優 饰）及女领袖卡美拉（芳本美代子 饰）。入间极力反对对古迹的触动，但丝毫无法改变上层的决定，最终导致三尊邪神复活，人类再度面临危机。与此同时，圆·大古（长野博 饰）与柳濑·蕾娜（吉本多香美 饰）相知相守，即将步入婚礼的殿堂。可是邪神指挥其爪牙向人类世界发起进攻，早已丧失奥特曼力量的大古，面对当前的危机束手无策。 三千万年前毁灭人类文明的遥远记忆，折磨着重新大古与迪迦奥特曼的神经…
